普通野生稻优异基因发掘平台建立

11日从中国农业科学院获悉，该院作物科学研究所水稻优异种质资源创新利用团队联合北京大学现代农学院，首次组装了普通野生稻单倍型无间隙染色体基因组，构建了野生稻种质资源优异基因发掘利用与种质创新平台，并鉴定了关键的耐盐与抗稻瘟病基因。相关研究成果日前发表在国际期刊《自然·通讯》上。

栽培稻是从二倍体普通野生稻驯化而来，现在已成为世界上超过一半人口的主食。然而，在栽培稻的驯化和育种过程中，非生物耐受性和生物抗性等许多有益性状丢失或者被削弱。而且，野生稻杂合度高导致基因组组装困难，大量优异抗性基因与不利性状连锁，育种中更难以直接利用。所以，建立一个可用于野生稻基因发掘的高效平台，对于野生稻资源利用和水稻品种改良具有重要意义。

论文通讯作者、中国农业科学院作物科学研究所研究员杨庆文告诉记者，研究团队以综合抗性优良的中国普通野生稻“Y476”为载体，首次组装了单倍型无间隙染色体基因组。他们以此为基础，分别以籼稻“9311”和粳稻“日本晴”为受体亲本，构建了两套覆盖全基因组的染色体片段置换系，创建了一个能够高通量鉴定发掘野生稻优异基因的平台。

“在这项工作中，我们通过整合高通量高分辨率染色体构象捕捉、全基因组光学图谱、纳米孔测序和高保真测序等技术，对二倍体普通野生稻种质进行单倍型解析的无间隙基因组组装和注释。与之前组装的二倍体普通野生稻基因组相比，该基因组组装在连续性、完整性和正确性方面有了显著改善。这意味着，该平台将加速野生稻的功能基因组学研究，并为稻种资源利用与品种遗传改良提供先进工具。”杨庆文说。